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Rilasciato sul web un assemblaggio preliminare del genoma del pomodoro
Il dr. Giovanni Giuliano (ENEA - C.R. Casaccia) comunica che un assemblaggio preliminare del genoma del pomodoro è stato rilasciato sul sito http://solgenomics.net/tomato/. Comprende una funzione ftp per scaricare la sequenza e una funzione blast. Copre circa 794 delle 950 Mb proiettate per l'intero genoma, raggruppate in 7409 scaffolds. E' stata ottenuta assemblando reads 454 (22x) Sanger (4x), 400.000 BAC ends e 200.000 Fosmid ends. L'Italia ha contribuito con reads 454 (10x) e 100.000 Fosmid ends. Il sequenziamento continuerà fino a ottenere una sequenza di qualità comparabile a quella di Arabidopsis o del riso.
Questo è il secondo genoma di Solanacea rilasciato, dopo il genoma di patata (ceppo doppio monoploide di S. phureja) rilasciato il 15 di Settembre da un consorzio internazionale comprendente l'Italia (http://www.potatogenome.net) e anch'esso ottenuto prevalentemente con metodologie Next Generation. Questi due rilasci quasi contemporanei aprono la strada a studi di genomica comparativa nel genere Solanum.